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Die Entstehungsgeschichte des Hauses ist „typisch Kölsch“. Schon seit Jahrzehnten gab es den Wunsch, den 1860 in direkter Nachbarschaft zum Rhein gegründeten Zoo der Domstadt um ein Haus für Fische, Wirbellose und Kriechtiere zu erweitern. Es sollte nicht irgendein Haus werden. Wenn schon, denn schon: Großzügig und mit hohem Freizeitwert für die Besucher– und das alles auf Basis neuester Technik: So lauteten die ambitionierten Ansprüche an das zu bauende Aquarium. Die Planungen liefen bereits länger, einzig: Die Finanzierung des Großprojekts machte Probleme. Den gordischen Knoten durchtrennte schließlich Theo Burauen, Kölner Oberbürgermeister von 1956 bis 1973. Er weitete das Gelände der Bundesgartenschau 1971 kurzerhand von der Mühlheimer „Schääl Sick“ einmal quer über den Rhein nach Riehl aus. Dank der dadurch akquirierten Bundesfördermittel konnte das Aquarium, das auch ein Terrarium und Insektarium erhielt, umgesetzt werden.

Die Bauarbeiten begannen 1968. Die Baukosten betrugen rund 7 Mio. DM. Eine ebenso stattliche wie, das zeigen die vergangenen Jahrzehnte, gut angelegte Investition. Die Rendite stimmt. Millionen von Besucher konnten im Aquarium Ruhe und Entspannung finden und buchstäblich in unbekannte Welten „eintauchen“. Hier fand und findet zeitgemäße Wissensvermittlung und Sensibilisierung für die Schönheit der Natur – und deren Bedrohung – statt. Und das ohne erhobenen Zeigefinger. Immer wieder gibt es einprägsame Sonderausstellungen und -aktionen, die z.B. auf die Zerstörung der Lebensräume hochbedrohter Echsen in Südostasien, die Nutzung von Krokodilleder für Taschen, Gürtel und Schuhe oder die Verschmutzung des Rheins und seiner Ufer hier in Köln hinweisen.

Das Aquarium des Kölner Zoos  weist nicht nur hin, es agiert auch tatkräftig selbst als Akteur internationaler Forschungen und Artenschutzmaßnahmen. Weit über 100 Arten haben der zuständige Kurator Prof. Dr. Thomas Ziegler und Team bei ihren Feldeinsätzen in aller Welt bereits entdeckt und wissenschaftlich erstbeschrieben. Besser kann man das Credo „Man kann nur schützen, was man kennt“, kaum mit Leben füllen. Die Liste der Artenschutz-Erfolge ist groß, www.koelnerzoo.de/artenschutz.  

• 2003 startete der Kölner Zoo mit weiteren Partnern im zentralvietnamesischen Phong Nha den Aufbau einer Auffang- und Wiederauswilderungsstation für konfiszierte Reptilien und Säugetiere. Im Rahmen vom Kölner Aquarium mit initiierten Expeditionen kam es dort zu einer Vielzahl an Entdeckungen, was die Schutzbedürftigkeit der Region unterstrich. Phong Nha wurde später sogar erweitert, zu einem Nationalpark und auch UNESCO-Welterbe, wo der Zoo auch erfolgreich die bedrohten Hatinh-Languren auswildern konnte.
• Anschließend hat der Kölner Zoo im nordvietnamesischen Melinh ein Naturschutzzentrum aufgebaut – mit anspruchsvollen Nachzuchtprogrammen für hochbedrohte Amphibien und Reptilien, die in das sensible Ökosystem zurückgegeben werden, und einem eigenen, gemeinsam mit der Friedrich Ebert Stiftung Hanoi aufgebauten Umweltbildungszentrum.
• 2013 gelang dem Kölner Aquariums-Team die Erstnachzucht des Philippinenkrokodils in Europa. Diese Pioniertat fand weltweit Beachtung. Die Weltnaturschutzunion (IUCN) führt diese hochbedrohte Art, von der nur noch rd. 100 Tiere in der Wildnis leben, in ihrer Roten Liste als „vom Aussterben bedroht“. 
• Immer wieder führt das Aquarium-Team des Zoos Nachzuchten zurück in die Ursprungsgebiete, um dortige Bestände zu stärken. Erst im Dezember brachte man mit „Hulky“ und „Dodong“ zwei in Köln geschlüpfte Philippinenkrokodile zurück in den Inselstaat.
• Bereits vielfach führte die wissenschaftliche Arbeit des Kölner Aquariums-Kurators mitsamt Studenten und internationalen Partnern dazu, dass hochbedrohte Arten auf der Roten Liste der Weltnaturschutzunion (IUCN) und im Washingtoner Artenschutzabkommen aufgenommen oder hochgestuft wurden: so z.B. Krokodil- und Warzenmolche, Krokodilschwanzechsen und Tigergeckos. 

„Hoher Freizeitwert, zeitgemäße Umweltbildung, Studentenausbildung und Forschung sowie Artenschutz, der weltweit Beachtung findet: Es macht Freude zu sehen, wie umfangreich und zielgerichtet die Aktivitäten des Kölner Zoo-Aquariums sind“, so Dr. Ralf Unna, Mitglied des Kölner Stadtrats und Aufsichtsratsvorsitzender der AG Zoologischer Garten Köln. „Die Investition in den Bau dieses heute vor 50 Jahren eröffnete Haus hat über die Jahrzehnte breit und nachhaltig Rendite gebracht. In den Zoo angelegtes Geld ist Geld, das gesamtgesellschaftlich großen Nutzen mit Breitenwirkung erzielt.“

Die Zoo-Leitungen haben über die Jahrzehnte immer wieder in Instandhaltung und Weiterentwicklung des Hauses investiert. Maßstab waren immer neueste biologische Erkenntnisse sowie der Wandel der Besucherbedürfnisse wie z.B. die Integration digitaler Erklärelemente in die Schau. Das aktuelle Konzept des Hauses ist das einer modernen Arche – das Kölner Aquarium auf dem Weg zum Artenschutzzentrum: In allen Bereichen des Hauses hat in den vergangenen Jahren eine Vielzahl stark bedrohter Arten ein neues Zuhause gefunden. So steht das Kölner Aquarium für seltene und nicht oft in Zoos zu sehende Arten, einige davon leider schon in der Natur ausgestorben oder kurz davor. Exakt hier aber kann durch engagierte Nachzuchtbemühungen und den Aufbau von Erhaltungszuchtnetzwerken ein substantieller Beitrag zur Artenrettung geleistet werden, was zudem spannend für die Besucher oder unsere Follower auf den Social Media-Seiten des Zoos anzusehen und mitzuverfolgen ist. Prof. Dr. Thomas Ziegler: „Das Aquariumsteam setzt sich jeden Tag aufs Neue dafür ein und wir sind sehr stolz darauf, bedrohte Arten bei uns aufzunehmen, bestmöglich zu halten und zu vermehren, und sie eines Tages vielleicht in die Natur zurückzubringen. Ob nun in Köln, wie wir es schon seit Jahren für die bedrohte Wechselkröte tun, oder in den Tropen Südostasiens, wie zuletzt für bedrohte Krokodilmolche und Philippinenkrokodile geschehen.“

„Wir als Kölner Zoo sind stolz auf unser Aquarium. Es ist seit fünf Jahrzehnten Ort exotischer Tierbeobachtungen, moderner Bildungsarbeit, exzellenter Forschung und vorbildlicher Artenschutz-Arbeit“, fasst Zoodirektor Prof. Theo B. Pagel zusammen.